Los dos subgrupos del grupo 7 de División de Honor Juvenil han puesto punto y final a la Primera Fase del Campeonato. Ahora queda conocer al campeón del grupo, qué equipo o equipos jugarán la Copa de Campeones y qué clubes descenderán a Juvenil Nacional. Para ello, los cinco primeros de cada subgrupo competirán entre ellos para ser el campeón de la temporada 2020-2021. Los cinco últimos de cada subgrupo jugarán por mantener la categoría.
Segunda Fase por la Copa de Campeones
Los cinco mejores clasificados de cada subgrupo se juntan en un grupo de diez equipos. Para esta fase se arrastran tanto los puntos como los goles a favor y en contra obtenidos en la Primera Fase. El sistema de competición es a una vuelta solo contra los equipos del otro subgrupo. Por lo tanto, un equipo del subgrupo A solo jugará cinco partidos, uno contra cada equipo procedente del subgrupo B. El primer clasificado, además de proclamarse campeón del grupo, accederá a la Copa de Campeones. El segundo en la tabla, si es el mejor de todos los grupos, también obtendrá billete para dicha competición. Así queda la tabla:
| Posición | Equipo | Puntos | Subgrupo |
| 1 | Atlético Madrileño | 43 | A |
| 2 | Villarreal CF | 43 | B |
| 3 | Valencia CF | 42 | B |
| 4 | Levante UD | 42 | B |
| 5 | Elche CF | 34 | A |
| 6 | Albacete Balompié | 32 | A |
| 7 | Unión Archena FC | 31 | A |
| 8 | Kelme CF | 30 | A |
| 9 | UD Azlira | 24 | B |
| 10 | CD Roda | 23 | B |
Segunda Fase por la Permanencia
Los cinco últimos clasificados de cada uno de los subgrupos se juntan en otro grupo de diez equipos. En esta ocasión también se arrastran tanto los puntos como los goles a favor y en contra obtenidos en la Primera Fase. El sistema de competición es, al igual que en la lucha por la Copa de Campeones, a una vuelta solo contra los equipos del otro subgrupo. Los seis últimos clasificados descenderán a Juvenil Nacional, mientras que los cuatro restantes mantendrán la categoría. Así queda la tabla:
| Posición | Equipo | Puntos | Subgrupo |
| 1 | CF Talavera de la Reina | 27 | A |
| 2 | Real Murcia | 26 | A |
| 3 | Alboraya UD | 20 | B |
| 4 | CF Torre Levante | 18 | B |
| 5 | CD Castellón | 16 | B |
| 6 | Patacona CF | 15 | B |
| 7 | UCAM Murcia | 13 | A |
| 8 | CD Toledo | 13 | A |
| 9 | Hércules CF | 9 | B |
| 10 | Lorca FB | 9 | A |
