El Huércal-Overa CF surgió hace poco menos de 15 años para dar continuidad al fútbol en la localidad almeriense tras la desaparición del Huercalense CF. El club comenzó a competir en el curso 2010-2011, y en apenas dos años ya estaba jugando en Tercera División. Desde su ascenso al fútbol nacional, el equipo de la provincia de Almería ha jugado, por cercanía, en el grupo 13 de Tercera, correspondiente a la Región de Murcia.
Desde su debut en Tercera en el curso 2012-2013, el Huércal-Overa CF ha competido de manera ininterrumpida en el fútbol nacional. Un total de 10 temporadas en las que el equipo almeriense llegó a disputar una promoción de ascenso a Segunda División B. Fue en la campaña 2014-2015, cuando después de quedar tercero en la liga regular, se clasificó para ese playoff. Sin embargo, en primera ronda les apearía del camino el CD Palencia Balompié por un global de 4-2.
El Huércal-Overa CF desciende por primera vez de Tercera
Esta temporada 2021-2022, no obstante, no ha conseguido mantenerse en la categoría. A falta de tres jornadas para que termine la temporada regular, el Huércal-Overa CF está a once puntos de la permanencia. El equipo almeriense ha sumado 25 puntos en 31 partidos de liga, lo que lo ha dejado, actualmente, penúltimo clasificado del grupo 13. La derrota por 3-0 contra el ya ascendido Yeclano Deportivo consumó la pérdida de la categoría.
Hasta la fecha, la peor clasificación del Huércal-Overa CF en Tercera había sido una decimosexta posición, conseguida en las campañas 2018-2019 y 2020.-2021. Por otro lado, la última vez que el Huércal-Overa CF estuvo en Preferente compitió también en la Región de Murcia. En aquella ocasión ascendió como tercer clasificado, por detrás de CD Beniel y El Palmar.
