Mayo de 2016, el Real Murcia CF pierde ante el filial del Granada 3-4 en su estadio en la penúltima jornada de liga. Un punto de los últimos 15 en juego provoca esta drástica decisión de destituirle del cargo por parte la dirección de la entidad tras desaprovechar el equipo 8 puntos de ventaja sobre el UCAM Murcia CF por la primera plaza del grupo en Segunda B. Esa primera plaza entonces suponía que en una eliminatoria a un solo partido podía estar el deseado ascenso a Segunda, y no deber afrontar varias eliminatorias para el ascenso.
Llegó para dirigir al Real Murcia en Segunda, tras el descenso administrativo buscó el ascenso y fue cesado en la jornada 37 de su segunda temporada
Tras el cese del técnico berciano como entrenador del Real Murcia, esa Promoción la terminó compitiendo el equipo pimentonero con Acciari en el banquillo ante el Toledo y la perdió, quedando eliminado en la primera ronda tras caer en casa 1-2 (tras el cero a cero de la ida). Ese fue el final de José Manuel Aira como entrenador del Real Murcia CF, una relación que comenzaba en el verano de 2014 también con un condicionante extraño, como su final.
Aira iba a dirigir al Real Murcia en Segunda, y decíamos «iba» porque finalmente tuvo que ponerse a los mandos del equipo en Segunda B tras el polémico descenso administrativo con el cual se le sancionó al club de la capital de la Región de Murcia. En ese primer año en el banquillo grana, en el curso 2014/15 alcanzó como segundo tras el Real Oviedo las eliminatorias finales, y el Hércules le eliminó en la primera ronda. En su segunda temporada es en la cual tras ir primero destacado dejó adelantarse por el UCAM Murcia tras un nefasto final de liga, y fue cesado en la jornada 37. De una temporada muy buena que estaba firmando su equipo se pasó a un muy mal final con ese único punto de 15 posibles que le dejó sin su puesto a una jornada del final de la liga regular, con la Promoción en el bolsillo.
11 partidos para salvar a un UCAM Murcia a 6 puntos de la salvación (con un partido menos)
Tras aquello José Manuel Aira ha dirigido al Albacete Balompié (logrando el ascenso a Segunda), a la Cultural Leonesa y al Marbella, y ha trabajado también en Croacia (NK Rudes) y en Francia (dirigiendo al histórico Sochaux). Ahora 6 años después regresa a la capital de la Región pero ahora llega con un reto bien distinto al club vecino. El reto es salvar del descenso (está a 6 puntos de la permanencia con un partido menos) al UCAM Murcia CF. Once partidos le restan para esta misión.
