La situación pandémica provocó en verano de 2020 un cambio de formato único. Los tres primeros clasificados en cada subgrupo de Tercera División lucharían por un puesto en el play-off en una liguilla; misma situación que los cuartos, quintos y sextos, aunque con menos plazas disponibles; mientras que el resto lucharían en otra liguilla por no descender a Preferente.
los continuos aplazamientos y los descansos en el subgrupo norte emborronan la clasificación
Los continuos aplazamientos de partidos a causa del COVID-19 y el hecho de ser impares en el subgrupo Norte provocan que la clasificación se altere por descansos y suspensiones. Además, la segunda fase estará condicionada por el coeficiente al ser un subgrupo de 11 equipos. Por tanto, así quedaría la clasificación del grupo VI de Tercera División según el coeficiente (puntos entre partidos disputados).
Subgrupo Norte
- UD Alzira: 2,15 puntos.
- CD Roda: 1,67 puntos.
- Atlético Saguntino: 1,60 puntos.
- Torrent CF: 1,29 puntos.
- Silla CF: 1,27 puntos.
- Villarreal CF C: 1,16 puntos.
- CD Benicarló: 1,07 puntos.
- CF Recambios Colón: 1,07 puntos.
- Paterna CF: 1,07 puntos.
- CD Acero: 1 punto.
- Vilamarxant CF: 0,92 puntos.
Subgrupo Sur
- CD Eldense: 2,08 puntos.
- Elche Ilicitano CF: 1,92 puntos.
- CF Intercity: 1,81 puntos.
- FC Jove Español: 1,4 puntos.
- UD SIA Benigànim: 1,36 puntos.
- Hércules CF B: 1,18 puntos.
- Crevillente Deportivo: 1,10 puntos.
- CD Olímpic: 1,09 puntos.
- Villajoyosa CF: 0,91 puntos.
- Novelda CF: 0,4 puntos.